Me pasó que me cloné de un repo y como no tenía los permisos adecuados fui con sudo y le metí un 777 a todo el repositorio. Que boludo que fui. Por no leer un poco antes de hacer esa perrada, me di con que a la hora de comitear todos los archivos presentaban cambios, puntualmente todos decían:

old mode 100644
new mode 100755

Solucionando el problema:
primero reviertan la situación cambiándole nuevamente los permisos a todos los archivos con:

sudo chmod 644 -R ./mi-proyecto/

En el paso anterior estoy asumiendo que los permisos originales eran 644 para todos lo archivos del proyecto.

Lo segundo es hacer las cosas bien. Para ello basta con cambiar el owner y grupo al directorio:

sudo chown nobody:nogroup mi-proyecto

y listo. Ahora cualquier usuario tiene privilegios sobre este proyecto por lo que no hace falta cambiarle permisos :)