Esta es la manera de crear un link en un menú por medio de código.

$link = array(
    'link_title' => 'titulo aquí',
    'menu_name' => 'aqui va el nombre del menu de destino (ojo, el nombre es el matchine-readable)',
    'options' => array('attributes' => array('title' => 'titulo aquí')),
    'module' => 'menu', //es el nombre del modulo que ha creado este enlace
    'expanded' => TRUE,
    'hidden' => TRUE, //si se crea estando habilitado o no
    'link_path' => '', //ruta a la que apunta
);
menu_link_save($link);

Útil especialmente si vamos a crear nuevos contenidos con programación

NOTA: si al ejecutar este snippet, el enlace no se ha creado, verifiquen que el path apunta a algo que exista. suele ser ese el problema