Me iba a poner a explicar porque falla y todo lo que tuve que hacer hasta darme cuenta del problema y la forma de solucionarlo, pero prefiero por esta vez simplemente dejarles la función que hice para arreglar el problema:

El siguiente método se acopla a jQuery por lo que lo pueden cargar justo después de jQuery y usarlo normalmente.

/**
 * Devuelve un array con la posicion X e Y respectivamente.
 */
$.fn.bgPosition = function() {
	var bgp = "background-position";
	return $.browser.msie ? [parseInt($(this).css(bgp + "-x").split(" ")[0]), parseInt($(this).css(bgp + "-y").split(" ")[0])] : [parseInt($(this).css(bgp).split(" ")[0]), parseInt($(this).css(bgp).split(" ")[1])];
}

Y como mencione, el uso es bastante sencillo.

//Para usarlo:
alert("las posiciónes X e Y del fondo son: " + $("#cajaConFondo").bgPosition()); //muestra [posX, posY]
alert("La posición X del fondo es: " + $("#cajaConFondo").bgPosition()[0]); //muestra posX
alert("La posición Y del fondo es: " + $("#cajaConFondo").bgPosition()[1]); //muestra posY

Para cerrar el post el problema en resumen es que internet explorer no reconoce la propiedad “background-position” del metodo .css(). En su lugar hay que usar “background-position-x” y “background-position-y”

Y una cosita mas: el método solo funciona con pixeles porque es lo que me hacía falta, porcentajes y demases yerbas quedan excluidas salvo que alguien quiera aportar esa parte ;)

Descargar ejemplo