Cositas raras como estas me las encuentro todos los días, pero no esta de mas dejar la solución para que no tengan que meterse en foros a buscarla.

Cuando declaras un anchor, si este esta dentro elementos que flotan (a la izquierda o a la derecha), lo mas seguro es que en lugar de parar en el anchor, lo haga por encima de el.

¿La solución?. Flotar el anchor con una class.